Vào tháng 6 năm 1999, Kakurōkyō chia thành hai phe phái.[5]

Các thành viên của hội nhóm bị tình nghi đã bắn rocket vào Sân bay quốc tế Narita, ngày 2 tháng 2 năm 1998. Tháng 2 năm 2000, một thành viên của nhóm bị đâm chết tại ga JR Manazuru ở huyện Kanagawa. Ba nghi phạm được cho rằng cũng là thành viên của nhóm.

Một thành viên khác bị sát hại trước ga JR Uguisudani ở Tokyo vào ngày 31 tháng 8 năm 2000, khiến tổng cộng 5 nhà hoạt động bị sát hại. Những cái chết tiếp tục xuất hiện cho đến năm 2002, với tám thành viên cuối cùng bị sát hại.

Năm 2003 và 2004, khoảng thời gian Hoa Kì xâm lược Iraq, hội nhóm này đã nhận trách nhiệm về các vụ dùng súng cối tấn công vào Căn cứ Không quân Yokota, Phòng vệ sảnh ở Tokyo và Phi trường Hải quân Atsugi ở huyện Kanagawa.[6] Các cuộc đột kích đã được thực hiện để đối phó với các cuộc tấn công bằng súng cối vào năm 2010.[7]

Năm 2013, nhóm này được cho là đã chịu trách nhiệm cho một cuộc tấn công khác vào Căn cứ Không quân Yokota.[8]

Vào tháng 9 năm 2015, ba người đàn ông đã bị bắt vì hành hung cảnh sát chống bạo động trong một cuộc biểu tình chống lại luật an ninh trước Tòa Nghị sự Quốc hội ở Tokyo. Một trong số họ được cho là thành viên Kakurōkyō.[9]

Năm 2019, Numata Toyotona bị bắt, kẻ bị tình nghi liên quan đến việc tiến hành các vụ tấn công bằng súng cối vào Doanh trại Zama và Căn cứ Không quân Yokota.[10]